В зависимости от задач организации можно применять разные решения для управления проектами:
1) Трекеры задач.
2) Системы типа СRM и ERP со встроенным модулем для управления проектами.
3) Профессиональные узкоспециализированные системы, "заточенные" только под управление проектами.
Если вы профессиональная организация, и хотите на высоком уровне управлять проектами с учетом методологии и стандартов, вам точно стоит посмотреть в сторону специализированной системы.